Cùng với trường PTDTNT THCS và THPT Văn Bàn được thành lập năm 1981 (tiền thân là trường Thiếu niên dân tộc vùng cao, đến năm 1985 đổi tên là trường PTDT Nội trú và năm 2015 đến nay là trường PTDTNT THCS và THPT) Công đoàn cơ sở trường PTDTNT THCS và THPT đến nay đã hơn 37 tuổi. Từ khi thành lập Công đoàn trường trường PTDTNT THCS và THPT trực thuộc Công đoàn Ngành giáo dục huyện Văn Bàn và từ năm 2016 tới nay trực thuộc Công đoàn Ngành Giáo dục Lào Cai.